تمتلك شركة مجنى عدداً من المستودعات المخصصة لتخزين التمور وغيرها من المنتجات الغذائية. توزع هذه المستودعات في أماكن مركزية بحيث تكون قريبة من مناطق الإنتاج والتوزيع لتسهيل العمليات اللوجستية

 بالإضافة إلى المستودعات العادية، تستخدم شركة مجنى أيضاً ثلاجات ومجمدات مخصصة لتخزين المنتجات الطازجة والمبردة. يتم ضبط درجات الحرارة في هذه الثلاجات والمجمدات بعناية لضمان الحفاظ على جودة المنتجات على المدى الطويل